De actiegame Men in Black: Alien Crisis volgt niet het verhaal van de film Men in Black 3, maar heeft een eigen verhaal. Het spel bevat, net als de verschillende films, een mix van actie en humor. Bekende gezichten uit de nieuwe en de eerdere films zijn terug te zien in het spel. In het spel speel je met Peter Delacoeur, een MIB-agent in opleiding. Het verhaal van de game is geschreven in samenspraak met de filmschrijvers, om op die manier enigszins consistent te blijven.